La biblioteca comprende il patrimonio librario non confluito, dopo la soppressione napoleonica (1810) e governativa (1866) degli ordini religiosi, nelle biblioteche dello Stato..
I fondi riguardano le scienze religiose: Sacra Scrittura, Teologia, Patristica, Liturgia, Monastica e Storia della Chiesa.

Sono presenti anche fondi librari di letteratura italiana, letteratura inglese, storia, storia locale, arte, filosofia, farmacopea.
In questo patrimonio librario si contano 20 Incunaboli e 396 Cinquecentine.

Segnaliamo inoltre un patrimonio di manoscritti:

Mss. Fondo Camaldoli, n.286 (sec. XIII-XIX)

Mss. Fondo S. Michele di Murano, n. 485 (sec. XV-XVIII)